DEG DEP DEM

差异表达基因和蛋白的分析

• DEG和DEP分析：差异表达基因（DEGs）和差异表达蛋白（DEPs）的分析是通过比较不同条件下的基因和蛋白质表达水平来识别生物学变化的关键技术。58
• DEM分析：差异表达的miRNAs（DEMs）分析则是基于深度测序计数的标准化，通过选择性分析来识别不同条件下的表达差异。1

实验设计和数据分析

• 多条件实验设计：为了检测不同条件下的组成或表达变化，需要设计复制的多条件实验。3
• 表达矩阵数据获取：分析前需要获取表达矩阵数据，这是进行差异分析的基础。4
• R软件包使用：在R中使用如DESeq2、edgeR和limma等软件包进行差异分析。4

数据库和资源

• DEG数据库：提供了当前可用的必需基因组记录，是一个重要的生物信息学资源。6
• 多组学分析：首次对鱼类大脑中的mRNA、miRNA、蛋白质和代谢物进行了多组学分析，揭示了组织特异性响应。7

应用和意义

• 生物标志物发现：DEG和DEP分析有助于发现新的生物标志物和治疗靶点。
• 疾病机理理解：通过分析疾病状态下的DEG和DEP，可以更好地理解疾病机理和进展。5