我需要在chemspipy下根据化合物id批量获取基本化合物信息和appearance属性,输出结果到文件中,在带埋上添加注释并可视化进度
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要在chemspipy下根据化合物ID批量获取基本化合物信息和appearance属性,并将输出结果保存到文件中,同时在代码中添加注释并可视化进度,你可以按照以下步骤进行:
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安装chemspipy:首先,确保你已经安装了chemspipy包。如果还没有安装,可以通过pip安装:
pip install chemspipy
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导入必要的库:在你的Python脚本中导入chemspipy和其他可能需要的库,例如pandas用于数据处理和matplotlib用于进度条可视化。
import chemspipy import pandas as pd from tqdm import tqdm # 用于进度条可视化
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初始化ChemSpider:使用你的ChemSpider API密钥初始化chemspipy。
cs = chemspipy.ChemSpider('<YOUR-API-KEY>')
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准备化合物ID列表:创建一个包含所有化合物ID的列表。
compound_ids = [123, 456, 789] # 示例ID,替换为实际ID
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获取化合物信息:遍历化合物ID列表,使用chemspipy的
get_compound
方法获取每个化合物的信息。compounds_info = [] for cid in tqdm(compound_ids, desc="Fetching compounds"): # 使用tqdm显示进度 compound = cs.get_compound(cid) compounds_info.append({ 'id': compound.id, 'name': compound.name, 'appearance': compound.appearance, # 添加其他需要的属性 })
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保存到文件:将获取到的化合物信息保存到CSV文件中。
df = pd.DataFrame(compounds_info) df.to_csv('compounds_info.csv', index=False)
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添加注释:在代码中添加注释,解释每一步的作用,以提高代码的可读性和可维护性。
# 初始化ChemSpider API # 准备化合物ID列表 # 使用tqdm库显示进度条 # 遍历化合物ID并获取信息 # 将信息保存到CSV文件
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可视化进度:使用
tqdm
库在控制台中显示进度条,以可视化地展示程序的执行进度。
请注意,上述代码是一个示例,你需要根据实际情况调整化合物ID列表和其他属性。此外,确保你使用的是有效的ChemSpider API密钥。6中提到了如何使用chemspipy进行化合物搜索和属性检索,这可以作为参考。9提供了如何使用PubChemPy获取化合物属性的示例,虽然这里使用的是chemspipy,但概念是类似的。10提到了PubChem的REST接口,虽然这里我们使用的是chemspipy,但了解PubChem的数据结构对于理解如何获取信息也是有帮助的。