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我需要在chemspipy下根据化合物id批量获取基本化合物信息和appearance属性,输出结果到文件中,在带埋上添加注释并可视化进度

5月前
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理解问题我需要在chemspipy下根据化合物id批量获取基本化合物信息和appearance属性,输出结果到文件中,在带埋上添加注释并可视化进度

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要在chemspipy下根据化合物ID批量获取基本化合物信息和appearance属性,并将输出结果保存到文件中,同时在代码中添加注释并可视化进度,你可以按照以下步骤进行:

  1. 安装chemspipy:首先,确保你已经安装了chemspipy包。如果还没有安装,可以通过pip安装:

    pip install chemspipy
    
  2. 导入必要的库:在你的Python脚本中导入chemspipy和其他可能需要的库,例如pandas用于数据处理和matplotlib用于进度条可视化。

    import chemspipy
    import pandas as pd
    from tqdm import tqdm  # 用于进度条可视化
    
  3. 初始化ChemSpider:使用你的ChemSpider API密钥初始化chemspipy。

    cs = chemspipy.ChemSpider('<YOUR-API-KEY>')
    
  4. 准备化合物ID列表:创建一个包含所有化合物ID的列表。

    compound_ids = [123, 456, 789]  # 示例ID,替换为实际ID
    
  5. 获取化合物信息:遍历化合物ID列表,使用chemspipy的get_compound方法获取每个化合物的信息。

    compounds_info = []
    for cid in tqdm(compound_ids, desc="Fetching compounds"):  # 使用tqdm显示进度
        compound = cs.get_compound(cid)
        compounds_info.append({
            'id': compound.id,
            'name': compound.name,
            'appearance': compound.appearance,
            # 添加其他需要的属性
        })
    
  6. 保存到文件:将获取到的化合物信息保存到CSV文件中。

    df = pd.DataFrame(compounds_info)
    df.to_csv('compounds_info.csv', index=False)
    
  7. 添加注释:在代码中添加注释,解释每一步的作用,以提高代码的可读性和可维护性。

    # 初始化ChemSpider API
    # 准备化合物ID列表
    # 使用tqdm库显示进度条
    # 遍历化合物ID并获取信息
    # 将信息保存到CSV文件
    
  8. 可视化进度:使用tqdm库在控制台中显示进度条,以可视化地展示程序的执行进度。

请注意,上述代码是一个示例,你需要根据实际情况调整化合物ID列表和其他属性。此外,确保你使用的是有效的ChemSpider API密钥。6中提到了如何使用chemspipy进行化合物搜索和属性检索,这可以作为参考。9提供了如何使用PubChemPy获取化合物属性的示例,虽然这里使用的是chemspipy,但概念是类似的。10提到了PubChem的REST接口,虽然这里我们使用的是chemspipy,但了解PubChem的数据结构对于理解如何获取信息也是有帮助的。

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我需要在chemspipy下根据化合物id批量获取基本化合物信息和appearance属性,输出结果到文件中,在带埋上添加注释并可视化进度
如何使用chemspipy获取化合物信息?
chemspipy批量查询化合物示例代码
如何将化合物信息输出到文件?

以上内容由AI搜集生成,仅供参考

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