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exposure_data <- clump_data(exposure_data, clump_r2 = 0.001, pop = "EUR", clump_kb = 10000) #过滤二 Error in mtfrm.default(list(url = "https://api.opengwas.io/api/ld/clump", : cannot mtfrm
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理解问题exposure_data <- clump_data(exposure_data, clump_r2 = 0.001, pop = "EUR", clump_kb = 10000) #过滤二 Error in mtfrm.default(list(url = "https://api.opengwas.io/api/ld/clump", : cannot mtfrm
已完成理解「exposure_data <- clump_data(exposure_data, clump_r2 = 0.001, pop = "EUR", clump_kb = 10000) #过滤二 Error in mtfrm.default(list(url = "https://api.opengwas.io/api/ld/clump", : cannot mtfrm」
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错误原因分析
解决方案
- 检查参数设置：确保
clump_r2,pop,clump_kb参数符合函数要求。 - 查阅文档：参考
ieugwasr::ld_clump()函数和相关文档，了解正确的使用方法。2 - 使用PLINK方法：如果问题依旧，可以尝试使用PLINK clumping方法，该方法在
TwoSampleMR包中有实现。410 - 检查数据格式：确保输入的exposure_data数据格式正确，符合函数要求。3578
具体操作建议
- 验证
exposure_data数据是否包含必要的列，如SNP ID和效应大小(beta)。 - 检查
clump_r2和clump_kb参数是否设置得当，参考extract_instruments()函数中的参数设置。 - 确认
pop参数是否正确设置为"EUR"或其他有效值。 - 如果错误持续存在，尝试使用
ieugwasr::ld_clump()函数进行LD clumping，并参考其文档说明。2
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exposure_data <- clump_data(exposure_data, clump_r2 = 0.001, pop = "EUR", clump_kb = 10000) #过滤二 Error in mtfrm.default(list(url = "https://api.opengwas.io/api/ld/clump", :
cannot mtfrm不在提醒