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exposure_data <- clump_data(exposure_data, clump_r2 = 0.001, pop = "EUR", clump_kb = 10000)这行代码是什么意思？
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这行代码是使用孟德尔随机化分析中的
clump_data
函数对暴露数据进行连锁不平衡处理。
功能解释
要点关键词
：连锁不平衡处理
概要正文
：
clump_data
函数用于在孟德尔随机化分析中处理连锁不平衡问题，确保工具变量之间相互独立。该函数通过设置参数
clump_r2
和
clump_kb
来筛选出独立性满足条件的SNPs。其中，
clump_r2
参数设置连锁不平衡的阈值，
0.001
表示连锁不平衡的平方相关系数阈值；
pop
参数指定人群，这里为"EUR"代表欧洲人群；
clump_kb
参数设置基于物理距离的筛选阈值，
10000
表示在10000个碱基对内进行连锁不平衡的筛选。
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用什么代码解决此问题：Error in ld_clump(exposure_data, clump_r2 = 0.001, clump_kb = 10000, pop = "EUR") : 不是所有的"rsid" %in% names(dat)都是TRUE？
exposure_data_clumped <- ld_clump_local(exposure_data, clump_r2 = 0.001, clump_kb = 10000, bfile = bfile, plink_bin = plink_bin_path, clump_p = 1) 错误: 找不到对象'bfile'
exposure_data <- extract_instruments(outcomes = "ebi-a-GCST90014023",clump = TRUE, r2 = 0.01, kb = 5000) Warning message: Unknown or uninitialised column: `trait`.
outcome_data <- clump_data(outcome_data, clump_r2 = 0.001, pop = "EUR", clump_kb = 10000) Error in data.frame(rsid = dat$SNP, pval = dat[[pval_column]], id = dat$id.exposure) : 参数值意味着不同的行数: 0, 14587
exposure_data <- clump_data(exposure_data, clump_r2 = 0.001, pop = "EUR", clump_kb = 10000) #过滤二 Error in mtfrm.default(list(url = "https://api.opengwas.io/api/ld/clump", : cannot mtfrm
exposure_data <- extract_exposure_data(exposures = "ebi-a-GCST90014023",clump = FALSE) Error in extract_exposure_data(exposures = "ebi-a-GCST90014023", clump = FALSE) : 没有"extract_exposure_data"这个函数。这个问题该怎么改正？
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