文章的设计方法

文章设计方法概述

文章采用了多组学和空间数据的整合分析方法，开发了一种统计框架（StOrder）来描述妊娠早期胎盘滋养层细胞的侵袭轨迹。

研究设计步骤

• 数据获取：使用单细胞转录组测序（snRNA-seq）和空间转录组数据（Visium）来获取细胞状态的基因表达信息和空间分布信息。10
• 细胞状态聚类：利用基于图的Louvain聚类方法对细胞状态进行分类，并使用MACS2软件单独在每个聚类上调用峰值。10
• 空间数据整合：通过空间协方差模型，结合基因表达数据和空间数据，计算细胞状态在物理空间中的接近度。14
• 树状结构重建：将步骤1和2得到的连接矩阵进行加权表达，以重建细胞分化轨迹的假定树状结构。14

研究目的

• 胎盘功能研究：通过分析胎盘滋养层细胞（EVTs）和胎盘床巨噬细胞之间的配体-受体相互作用，探索胎盘植入过程中的细胞间通信。11
• 疾病机制探索：研究早期妊娠期间动脉转化的分子和细胞介导因素，以及其在妊娠后期重大妊娠疾病中的作用。11

研究意义

• 增进理解：增进了对妊娠早期胎盘功能和相关疾病机制的理解。
• 模型改进：为设计能够完全模拟植入早期阶段的体外模型提供了蓝图。11